Comme l’indique le CSD dans l’entrée sur le verbe “désirer”, la première syllabe *kǫ- de ce verbe correspond au lakota kúŋ “désirer” et à la forme diminutive kúŋla. La seconde syllabe *-ra en revanche n’est pas cognate de -la en lakota (*-ra donnerait -ya dans cette langue).

Comment rendre compte plus précisément de l’étymologie de ce verbe? Dans le corpus de Dorsey, il s’emploie presque toujours (222 fois sur 235) avec le suffixe -goⁿ “comme”, comme en (1): (l’étymologie de ce suffixe est discutée ici)

(1) wi-síthe ki, wi-tóⁿbe koⁿbthé-goⁿ
1>2-penser.à quand 1>2-1sg:voir désirer:1sg-comme
“Quand je pense à toi, j’ai envie de te voir.”

Or, le verbe “penser” (ebthé, ethé) s’emploie toujours en omaha (pas dans les autres langues dhegiha toutefois) aussi avec ce suffixe, au point que le manuel de conjugaison de Eschenberg et Saunsoci donner ethégoⁿ comme radical du verbe “penser”.
Comme je l’explique dans cet article, le verbe ebthé, ethé “penser” est étymologiquement un thème en *y-, ayant incorporé un élément démonstratif *e-, qui a été réanalysé comme un thème en *r- du fait de la confusion à la première personne des groupes *wy- et *wr- en bð-. Dans ce verbe la troisième personne ethé est refaite; on attendrait †ezhé si cette forme était phonétique.

Je pense maintenant que la seconde racine verbale de koⁿbthe, goⁿthe “désirer” doit en fait être la même que celle de ebthé, ethé, et qu’il faut donc reconstruire *kǫ=yA, 1sg *w-kǫ=w-yA en pre-proto-Dhegiha, cette racine subissant ensuite la même analogie que le verbe “penser” (sans quoi la 3sg devrait être †goⁿzhe), donnant la forme *kkǫ-wrA d’où dérivent les formes actuelles.